Le film débute sur la mort de Naruto, celui-ci se fait transpercer la poitrine par un monstre nommé Moryo. En réalité, il s'agit de la prédiction de la prêtresse du pays des démons, nommée Shion, capable de prédire l'avenir de ceux qui vont mourir. Celle-ci a également le pouvoir de sceller le grand pouvoir de Moryo.
Ensuite, changement de décor. Dans un sanctuaire abandonné, un expert en ninjutsu médical, Yomi, s'ouvre lui-même la poitrine à l'aide d'un scalpel, proposant à Moryo d'être son réceptacle afin de causer la fin du monde. Quand Moryo prend le corps de Yomi, il réveille en même temps l'armée des fantômes de l'ombre, de puissants combattants que Kakashi, Gaï, Shikamaru, Temari et plusieurs ninjas et chunin et jonin de Konoha ont du mal à combattre...
