La seconde partie commence deux ans et demi après ; Naruto, Sakura et Sasuke ont chacun terminé leur apprentissage avec un des trois Sannin, tandis que l'Akatsuki commence à capturer les démons et leurs hôtes (tels que Naruto). L'histoire qui suit, narrée par les nouveaux épisodes de Naruto Shippuden (la version animée) se concentre sur leurs affrontements et la quête de Sasuke pour tuer son frère et le combat de l'Akatsuki contre les force de Konoha.
L'histoire commence avec l'enlèvement de Gaara, devenu kazekage, que l'équipe Gai et l'équipe Kakashi envoyées à la rescousse par Konoha, réussiront à tirer des griffes d'Akatsuki et à ramener à la vie, avec l'aide d'une aïeule de Suna.
Ayant glané un renseignement sur Orochimaru lors de cette mission, l'équipe Kakashi, complétée par Sai, un mystérieux membre imposé par une puissante section occulte de l'ANBU dont la mission secrète est l'assassinat de Sasuke, et par un membre de l'ANBU aux ordres de Tsunade, qui remplace Kakashi alité en tant que chef, part à la recherche d'Orochimaru pour tenter d'empêcher le transfert d'âme. Naruto, face à Orochimaru se transforme en démon renard à 4 queues et fait armes égales avec le Sannin ; Sai choisit ce moment pour trahir l'équipe et débuter sa mission réelle. Les deux missions seront mises en échec par la puissance du « nouveau » Sasuke, mais Naruto, parvenu au repère d'Orochimaru avec le reste de l'équipe retournera le cœur de Sai, celui-ci voulant de ce fait à tout prix comprendre la nature des liens d'amitié qui poussent Naruto à aller si loin pour Sasuke.
De retour à Konoha, Naruto déprimé d'être si faible par rapport à Sasuke, commence un nouvel entraînement supervisé par Kakashi et destiné à lui faire maîtriser son affinité ninjutsu pour l'ajouter au Rasengan. Pendant ce temps, 2 membres de l'Akatsuki pénètrent au pays du Feu et massacrent tous les moines d'un temple, inquiétant grandement au village de Konoha. Envoyés sur les traces des ennemis, l'équipe d'Asuma (composée d'Asuma, Shikamaru et 2 Jonins de Konoha) se retrouvera face à eux. Malheureusement, sans connaissance de la puissance des ennemis, Asuma se fera tuer et le reste de l'équipe, malgré le renfort de Choji, Ino et 2 Jonins supplémentaires, ne devrai son salut que par le départ des deux ennemis appelés à une autre tâche urgente. Shikamaru, qui s'est senti impuissant face à la mort de son sensei combat alors ses démons ; après avoir élaboré une stratégie, il part avec le reste de l'équipe 10, venger son ancien maître. Kakashi les rejoint à la porte de Konoha pour les aider. Pendant que Shikamaru s'occupe de Hidan, l'assassin d'Asuma, le reste de l'équipe est en grandes difficultés face à l'autre ennemi. Apparaît alors Naruto (accompagné de Sakura, Sai et Yamato) qui a quasiment fini de mettre au point sa nouvelle technique qu'il utilisera sur Kakuzu. Vainqueurs, les ninjas des 2 équipes rentrent à Konoha, où, après analyse, Tsunade interdit la nouvelle technique à Naruto, trop dangereuse pour ses propres cellules.
Pendant ce temps, Sasuke, considérant qu'il n'a plus rien à apprendre d'un Orochimaru affaibli qui de plus ne va pas tarder à prendre son corps, se défait de lui non sans mal, grâce au Sharingan. Il conserve néanmoins le Sannin prisonnier dans son corps. Il part alors dans les différentes caches d'Orochimaru pour se constituer une équipe à partir des sujets de tests les plus puissants du Sannin et leur tôlière qui a des pouvoirs spéciaux particulièrement intéressants. Avec cette nouvelle équipe, il part dans le but de trouver son frère et de le tuer. Sur la route, il tombe sur Deidara qu'il vaincra avec beaucoup de difficultés, devant sacrifier Manda pour échapper à l'explosion qui conclut le combat.
Au village de Konoha, Jiraya continue à glaner des informations sur l'Akatsuki, et devant l'urgence, décide d'aller enquêter au vilage d'Ame sur leur chef. Arrivé sur place, il est détecté par celui-ci qui s'avère être un de ses anciens élèves qu'il pendait mort, possesseur du dangereux Rinnegan qui lui permet de contrôler 6 corps. Après avoir battu 3 corps, Jiraya tombe, pris par surprise, non sans réussir à transmettre un message à Konoha avant de mourir à propos du secret de Pain. Durant le combat, il dévoile ses techniques Sennin, un style de combat très puissant appris auprès des ermites crapauds.
Arrivé là où Itachi lui a donné rendez-vous, le reste de son équipe devant rester en arrière avec le partenaire d'Itachi, le face-à-face tant attendu peut débuter. Mettant toutes leurs forces dans la bataille (illusions, puis techniques de feu, puis techniques spéciales), les deux frères font jeu égal jusqu'au moment ou Itachi, après avoir débarrassé Sasuke d'Orochimaru, tombe mort près de son frère vaincu. Lorsqu'il reprend conscience, Sasuke, immobilisé, doit apprendre que son frère s'est laissé tuer pour le protéger et qu'il n'a eu de cesse de tout faire pour son petit frère malgré son combat interne du à son statut secret d'agent double auprès de Konoha et de sa famille. Déchiré par le chagrin, et manipulé par un mystérieux membre de l'Akatsuki masqué se présentant comme Madara Uchiwa le fondateur évincé de Konoha, Sasuke décide de reformer son équipe pour aller détruire Konoha, ses dirigeants, et y massacrer tous les habitants.
À Konoha, apprenant la mort de son ancien maître, Naruto plonge dans la tristesse. Il aide Shikamaru à décrypter le message laissé par son sensei, puis décide de partir avec les ermites crapauds apprendre le Senjutsu, techniques Sennin. Pendant ce temps, Sasuke, qui a reçu l'ordre d'Akatsuki de capturer le démon à 8 queues Hachibi, ayant reçu la promesse de récupérer la puissance des biju pour sa vengeance sur Konoha, est parti avec son équipe pour Kumo le village de la foudre où se trouve son hôte. Ils sont cependant dépassés par la puissance de leur adversaire Kira Hachi. Faisant appel à la technique Amaterasu, Sasuke finit par le vaincre ; ils le ramènent donc à l'Akatsuki, mais il s'avère qu'ils ont été trompés par une technique de transformation et ramené une simple tentacule du monstre.
Pendant ce temps, les 6 corps de Pain partent à l'assaut de Konoha pour y chercher Naruto. Après y avoir causé d'énormes dégâts lors de la recherche d'informations sur Naruto, il finit par détruire Konoha par une technique violente provoquant un souffle d'explosion. C'est à ce moment que Naruto revient. Après un combat remarquable où Naruto expose toute ses capacité nouvellement acquises, celui-ci semble vaincu par le corps de Pain le plus puissant qu'il n'a pas réussi à détruire. Survient alors Hinata qui se fait gravement blesser en voulant s'interposer ; soumis à une violente émotion, Naruto libère la quasi-totalité du pouvoir du démon renard jusqu'à presque rompre le sceau du 4e Hokage. C'est alors que celui-ci apparaît dans son subconscient et lui annonce qu'il est son père ; une fois le sceau réparé, Naruto reprend le controle de lui même et le mode Sennin. Il achève magistralement le corps de pain restant et s'en va vers la planque de Nagato qui contrôle Pain. Celui-ci, suite à une tentative ratée de l'entraver à nouveau, lui raconte comment il est devenu Pain…
| Episode 1 | Retour au pays |
| Episode 2 | L'Akatsuki entre en action |
| Episode 3 | Les fruits de l'entraînement |
| Episode 4 | Le Jinchūriki de Suna |
| Episode 5 | En tant que Kazekage...! |
| Episode 6 | Mission accomplie |
| Episode 7 | Cours, Kankurô |
| Episode 8 | L'équipe de Kakashi passe à l'attaque |
| Episode 9 | Les larmes du Jinchuriki. |
| Episode 10 | Arts des sceaux : Les neufs dragons fantômes |
| Episode 11 | Le disciple du médecin |
| Episode 12 | La décision de la grand-mère |
| Episode 13 | Une destinée entrevue |
| Episode 14 | Les progrès de Naruto |
| Episode 15 | L'orbe tourbillonant géant ! |
| Episode 16 | Le secret de l'hôte |
| Episode 17 | Gaara succombe ! |
| Episode 18 | Infiltration |
| Episode 19 | L'équipe de Gaï contre l'équipe de Gaï ? |
| Episode 20 | Hiruko contre les deux femmes ninja |
| Episode 21 | Le vrai visage de Sasori |
| Episode 22 | Chiyo joue son atout |
| Episode 23 | « Papa » et « maman » |
| Episode 24 | Le Kazekage troisième du nom |
| Episode 25 | Trois minutes pour vivre ou mourir |
| Episode 26 | Dix contre cent ! |
| Episode 27 | Un rêve inachevé |
| Episode 28 | La résurrection des fauves |
| Episode 29 | Kakashi ouvre les yeux ! |
| Episode 30 | La beauté de l'instant |
| Episode 31 | La relève |
| Episode 32 | Le retour du Kazekage |
| Episode 33 | Un nouveau venu |
| Episode 34 | La nouvelle équipe de Kakashi ! |
| Episode 35 | Un membre de trop |
| Episode 36 | Sourire mensonger |
| Episode 37 | Le livre secret |
| Episode 38 | Simulation |
| Episode 39 | Rencontre inattendue |
| Episode 40 | Kyubi lâché ! |
| Episode 41 | Le début de la mission secrète |
| Episode 42 | Orochimaru vs Jinchuriki |
| Episode 43 | Les larmes de Sakura |
| Episode 44 | Les détails du combat |
| Episode 45 | Les limites de la trahison |
| Episode 46 | La page inachevée |
| Episode 47 | Le repaire du serpent venimeux |
| Episode 48 | Un lien sacré |
| Episode 49 | Une chose précieuse |
| Episode 50 | L'histoire du livre d'images |
| Episode 51 | Retrouvailles |
| Episode 52 | La puissance des Uchiwa |
| Episode 53 | Les feuilles de Konoha bourgeonnent |
| Episode 54 | Cauchemar |
| Episode 55 | Vent |
| Episode 56 | Sueurs |
| Episode 57 | Le repos éternel dérobé |
| Episode 58 | Solitude |
| Episode 59 | Nouvel Ennemi |
| Episode 60 | La roue de la fortune |
| Episode 61 | Contact |
| Episode 62 | Coéquipier |
| Episode 63 | Deux Rois |
| Episode 64 | Konoha dans une impasse |
| Episode 65 | La garde stricte |
| Episode 66 | Les Âmes ressuscitées |
| Episode 67 | Combat à Mort |
| Episode 68 | Chakra rouge |
| Episode 69 | Destruction de la sauvagerie |
| Episode 70 | Résonance |
| Episode 71 | Mon ami |
| Episode 72 | Menace furtive |
| Episode 73 | L'Invasion de l'Akatsuki |
| Episode 74 | Sous un ciel étoilé |
| Episode 75 | Les prières du vieux moine |
| Episode 76 | La prochaine étape |
| Episode 77 | Escalade argentée |
| Episode 78 | Étant donné le jugement… |
| Episode 79 | Cri non réalisé ! |
| Episode 80 | Derniers mots |
| Episode 81 | Tristes nouvelles |
| Episode 82 | L'équipe 10 |
| Episode 83 | Cible verrouillée |
| Episode 84 | La capacité de Kakuzu |
| Episode 85 | Le terrifiant secret |
| Episode 86 | La Volonté du Feu est dépassée, une nouvelle technique balaye tout ! |
| Episode 87 | Qui lance une malédiction… |
| Episode 88 | Fûton : Rasen-Shuriken |
| Episode 89 | Le prix du pouvoir |
| Episode 90 | La détermination d'un Shinobi |
| Episode 91 | Découverte ! La planque d'Orochimaru ! |
| Episode 92 | Affrontements |
| Episode 93 | Les cœurs communicants |
| Episode 94 | De la pluie toute la nuit |
| Episode 95 | Les deux charmes |
| Episode 96 | L'ennemi invisible |
| Episode 97 | Le labyrinthe des miroirs déformants |
| Episode 98 | La Cible apparaît |
| Episode 99 | Le Bijû destructeur |
| Episode 100 | Dans la Brume |
| Episode 101 | Les sentiments de chacun |
| Episode 102 | Reorganisation |
| Episode 103 | Kekkai Shiho Fuji ! |
| Episode 104 | La fin du Shoton |
| Episode 105 | Combat de barrière |
| Episode 106 | Les camélias rouges |
| Episode 107 | Les ennemis jurées ensemble |
| Episode 108 | Le guide du camélia |
| Episode 109 | La contre attaque du sceau maudit ! |
| Episode 110 | La mémoire du crime |
| Episode 111 | La promesse rompue |
| Episode 112 | Le foyer |
| Episode 113 | La pupille du serpent |
| Episode 114 | Les yeux du faucon |
| Episode 115 | L'épée de Zabuza |
| Episode 116 | Le gardien de la prison de fer |
| Episode 117 | Juugo du repaire Nord |
| Episode 118 | Une cible réciproque ! |
| Episode 119 | Kakashi Gaiden Special ~ La vie d'un jeune garçon sur le champ de bataille (1/2) |
| Episode 120 | Kakashi Gaiden Special ~ La vie d'un jeune garçon sur le champ de bataille (2/2) |
| Episode 121 | Rassemblement |
| Episode 122 | Recherche |
| Episode 123 | Le choc ! |
| Episode 124 | Art |
| Episode 125 | Disparition |
| Episode 126 | Crépuscule |
| Episode 127 | Les chroniques du courageux ninja Jiraiya 1/2 |
| Episode 128 | Les chroniques du courageux ninja Jiraiya 2/2 |
| Episode 129 | L'invasion du village caché d'Ame ! |
| Episode 130 | L'homme qui devint Dieu |
| Episode 131 | Activé ! Le mode ermite ! |
| Episode 132 | La réunion des six corps de Pain |
| Episode 133 | La légende du galant Jiraya |
| Episode 134 | L'invitation au banquet |
| Episode 135 | L'instant le plus long… |
| Episode 136 | L'ombre et la lumière du kaléidoscope hypnotique du Sharingan |
| Episode 137 | Amaterasu |
| Episode 138 | Décès |
| Episode 139 | Le mystère de Tobi |
| Episode 140 | Fatalité |
| Episode 141 | Vérité |
| Episode 142 | La bataille d'Unraikyô |
| Episode 143 | Hachibi contre Sasuke |
| Episode 144 | Le vagabond |
| Episode 145 | Le successeur de la technique interdite |
| Episode 146 | Les sentiments du successeur |
| Episode 147 | Le passé du ninja déserteur |
| Episode 149 | Séparation |
| Episode 150 | Activation de la technique interdite |
| Episode 151 | Le maître et l'élève |
| Episode 152 | Sombres nouvelles… |
| Episode 152 | Sombres nouvelles… |
| Episode 153 | Dans l'ombre de son maître |
| Episode 154 | Décryptage |
| Episode 154 | décrytage |
| Episode 155 | Enseignement Senjutsu |
| Episode 155 | Enseignement Senjutsu |
| Episode 156 | Surpasser le maître |
| Episode 156 | Surpasser le maître |
| Episode 156 | surpasser le maître |
| Episode 156 | Surpasser le maître |
| Episode 157 | Attaque contre Konoha |
| Episode 158 | Le pouvoir de croire |
| Episode 159 | Pain vs Kakashi |
| Episode 160 | Le mystère de Pain |
| Episode 161 | Son prénom: Konohamaru ,Son nom :sarutobi |
| Episode 162 | Le monde est souffrance |
| Episode 163 | |
| Episode 164 | Danger ! La Limite du Mode Sennin |
| Episode 165 | Kyubi capturé |
| Episode 166 | Confession |
| Episode 167 | Chibaku Tensei |
| Episode 168 | Le Quatrième Hokage |
| Episode 169 | Deux disciples |
| Episode 170 | |
| Episode 171 | |
| Episode 172 | |
| Episode 173 | |
| Episode 174 | |
| Episode 175 | |
| Episode 176 |
