Au village caché de Konoha, les enfants sont entraînés, dès leur plus jeune âge, afin de devenir des ninjas. Le Hokage, protecteur et chef du village, est reconnu comme étant le ninja le plus puissant.
Il y a de cela douze ans, Kyûbi, un démon ayant la forme d'un renard à neuf queues, entreprit la destruction du village de Konoha, mais le quatrième Hokage neutralisa ce démon en le scellant dans le corps d'un nouveau-né : Naruto Uzumaki. Le quatrième Hokage se sacrifia ainsi pour sauver le village de Konoha.
L'histoire commence pendant l'adolescence de Naruto, vers ses douze ans. Orphelin, éternel cancre et grand farceur, il fait toutes les bêtises possibles pour se faire remarquer. Son rêve : devenir Hokage afin d'être reconnu par les habitants de son village. En effet, le démon scellé en lui a attisé la crainte et le mépris des autres villageois, qui, avec le temps, ne font plus de différence entre le Kyûbi et Naruto. Malgré cela, Naruto s'entraîne dur afin de devenir genin, le premier niveau chez les ninjas. Après plusieurs essais, il arrive finalement à recevoir son bandeau frontal de Konoha et la promotion qui va avec. Il est alors inclu dans une équipe de trois apprentis ninjas, avec Sakura Haruno et le talentueux Sasuke Uchiwa. Peu après, ils rencontrent leur jonin, celui qui s'occupera de leur formation : le mystérieux Kakashi Hatake.
Suite à quelques missions, Kakashi considère les membres de son équipe prêts à devenir chunin. Ce niveau, entre celui de genin et celui de jonin, leur permettra d'accomplir des missions de plus grande importance. Cependant, un criminel ayant déserté le village nommé Orochimaru interrompt l'examen pour détruire Konoha. Son arme principale pour cette opération est un jeune homme, Gaara, qui possède comme Naruto un démon. Naruto, aidé par ses amis, réussira à le vaincre, et le village sera sauvé grâce au sacrifice du troisième Hokage.
L'organisation criminelle Akatsuki profitera du chaos résultant de l'attaque d'Orochimaru pour s'infiltrer dans le village, et deux de ses membres, Itachi Uchiwa et Kisame Hoshigaki, tenteront de kidnapper Naruto. Sasuke, le frère d'Itachi, essaie sans succès de l'en empêcher. Naruto sera sauvé par Jiraya, et devra en échange l'aider à retrouver la seule personne pouvant combler efficacement le poste d'Hokage : Tsunade. Elle est médecin, et la troisième membre de l'équipe des trois ninjas légendaires de Konoha autrefois formée par elle, Jiraya et Orochimaru. Ce dernier, la recherchant également pour se faire guérir suite à son attaque du village caché de Konoha, affrontera une nouvelle fois ses anciens camarades et Naruto.
En revenant au village, Naruto est confronté par Sasuke, qui se pense encore une fois inférieur, et qui quitte alors Konoha pour rejoindre Orochimaru pour acquérir la force nécessaire à vaincre Itachi et ainsi venger la destruction de son clan. Naruto tente de l'en empêcher, mais suite à son échec, il partira aussi s'entraîner avec Jiraya.
| Episode 1 | Et voici Naruto Uzumaki |
| Episode 2 | Je suis Konohamaru ! |
| Episode 3 | Un rival ? Sasuke et Sakura ! |
| Episode 4 | Le test ! L'épreuve de survie !! |
| Episode 5 | Échec ? La conclusion de Kakashi ! |
| Episode 6 | Une importante mission ! Le super voyage au Nami no kumi ! |
| Episode 7 | L'assassin dans la brume |
| Episode 8 | La promesse du sang |
| Episode 9 | Kakashi, le ninja copieur |
| Episode 10 | Le chakra |
| Episode 11 | Il était une fois un héros |
| Episode 12 | Bataille sur le pont ! Le retour de Zabuza |
| Episode 13 | Les miroirs de glace de Haku |
| Episode 14 | Imprévisible Naruto ! |
| Episode 15 | Bataille dans la brume |
| Episode 16 | Le sceau brisé |
| Episode 17 | Le passé oublié |
| Episode 18 | Un ninja, une arme |
| Episode 19 | La neige recouvre Zabuza |
| Episode 20 | L'examen des Chûnin |
| Episode 21 | De mystérieux et puissants adversaires ! |
| Episode 22 | Sasuke contre Lee |
| Episode 23 | Les rivaux ! |
| Episode 24 | La première épreuve |
| Episode 25 | La dixième question |
| Episode 26 | Le journal de l'école de Konoha |
| Episode 27 | La seconde épreuve ! Tout le monde est un ennemi |
| Episode 28 | Manger ou être mangé... Naruto joue les appâts ! |
| Episode 29 | Naruto contre-attaque ! |
| Episode 30 | Le feu du dragon |
| Episode 31 | Le combat pour l'amour |
| Episode 32 | Le réveil de Sakura ! Plus de figuration |
| Episode 33 | Une formation imbattable ! Sanglier-cerf-papillon |
| Episode 34 | Le talent exceptionnel de Gaara |
| Episode 35 | Interdit de regarder ! |
| Episode 36 | Combat de clones |
| Episode 37 | Le succès des neuf Genins |
| Episode 38 | Les éliminatoires commencent |
| Episode 39 | Shishirendan ! La fureur du lion |
| Episode 40 | Une confrontation explosive |
| Episode 41 | Le combat des rivales |
| Episode 42 | Que le meilleur combat soit ! |
| Episode 43 | Shikamaru le stratège |
| Episode 44 | Akamaru participe au combat |
| Episode 45 | L'incroyable atout de Naruto |
| Episode 46 | Le pouvoir du Byakugan |
| Episode 47 | Sous les yeux de celui que j'admire |
| Episode 48 | Le pouvoir de Lee |
| Episode 49 | La technique interdite |
| Episode 50 | Le jeu de la mort |
| Episode 51 | Sasuke en danger ! |
| Episode 52 | Le retour d'Ebisu |
| Episode 53 | L'ermite est de retour |
| Episode 54 | La technique d'invocation |
| Episode 55 | Un vœu fait à une fleur |
| Episode 56 | Une question de vie ou de mort |
| Episode 57 | Maître Crapaud entre en scène |
| Episode 58 | L'histoire de Gaara |
| Episode 59 | L'épreuve finale commence |
| Episode 60 | Byakugan contre Multiclonage ! Je vaincrai ! |
| Episode 61 | La défense absolue |
| Episode 62 | Le pouvoir caché du raté |
| Episode 63 | Disqualifié ? Attention le grand tournoi est perturbé |
| Episode 64 | Un peu de nerf, Shikamaru ! |
| Episode 65 | Mais où est-il ? Sasuke se fait attendre |
| Episode 66 | Celui qui déclenche une tempête |
| Episode 67 | Les leçons du maître |
| Episode 68 | Offensive sur Konoha ! |
| Episode 69 | Enfin ! Une mission de rang A |
| Episode 70 | L'embuscade de Shikamaru |
| Episode 71 | Le combat des Hokage |
| Episode 72 | L'erreur du Hokage |
| Episode 73 | Le sceau du démon |
| Episode 74 | La vraie nature de Gaara |
| Episode 75 | La détermination de Sasuke |
| Episode 76 | L'assassin du clair de lune |
| Episode 77 | Son nom est Gaara |
| Episode 78 | Naruto sort le grand jeu |
| Episode 79 | Le coup final |
| Episode 80 | Konoha pleure le 3ème Hokage |
| Episode 81 | Retour au pays |
| Episode 82 | Sharingan contre Sharingan |
| Episode 83 | Naruto et Jiraya... Sources de problèmes |
| Episode 84 | Le cri des mille oiseaux |
| Episode 85 | La malédiction du clan Uchiwa |
| Episode 86 | L'entraînement commence |
| Episode 87 | Naruto et le ballon d'eau |
| Episode 88 | Vers la concentration ultime |
| Episode 89 | Ondulation |
| Episode 90 | Explosion de colère ! |
| Episode 91 | Le pendentif maudit |
| Episode 92 | La réponse de Tsunade |
| Episode 93 | Les négociations sont interrompues |
| Episode 94 | Rasengan ! |
| Episode 95 | Le 5ème Hokage |
| Episode 96 | Bataille sur 3 fronts |
| Episode 97 | Naruto aux sources thermales |
| Episode 98 | Le diagnostic de Tsunade |
| Episode 99 | L'héritier |
| Episode 100 | La détermination de Lee |
| Episode 101 | Bas le masque, Kakashi sensei ! |
| Episode 102 | Mission au pays du thé |
| Episode 103 | La grande course de Todoroki |
| Episode 104 | Orages sur Nagi |
| Episode 105 | Juste avant l'arrivée ! La bataille fait rage... |
| Episode 106 | La dernière ligne droite pour Idate |
| Episode 107 | Sasuke contre Naruto |
| Episode 108 | Une cassure invisible |
| Episode 109 | L'invitation du Son |
| Episode 110 | Les cinq de Konoha + un |
| Episode 111 | Le pouvoir des quatre ninjas d'Oto |
| Episode 112 | La tension monte dans l'équipe de Shikamaru |
| Episode 113 | Chôji se déchaîne ! |
| Episode 114 | Adieu l'ami, je ne t'oublierai jamais |
| Episode 115 | C'est moi ton adversaire |
| Episode 116 | L'angle mort du Byakugan |
| Episode 117 | Neji, sa raison de ne pas perdre |
| Episode 118 | Récupérer le tonneau ! |
| Episode 119 | Un nouvel ennemi ! |
| Episode 119 | |
| Episode 120 | Hurlez ! Aboyez ! L'équipe ultime ! |
| Episode 121 | Chacun son combat |
| Episode 122 | Shikamaru joue le tout pour le tout |
| Episode 123 | Arrivée du fauve de jade de Konoha |
| Episode 124 | L'explosion du fauve de jade ! |
| Episode 125 | Les ninjas de Suna |
| Episode 126 | Gaara contre Kimimaro |
| Episode 127 | Une attaque implacable |
| Episode 128 | Un cri égaré |
| Episode 129 | Itachi et Sasuke, le destin des deux frères |
| Episode 130 | Père et fils, le blason brisé |
| Episode 131 | Le secret du kaléidoscope hypnotique du Sharingan |
| Episode 132 | Mon ami |
| Episode 133 | Le cri des larmes, tu es mon ami |
| Episode 134 | Conclusion sous une pluie de larmes |
| Episode 135 | Une promesse non tenue |
| Episode 136 | Enfin une mission de rang S ! |
| Episode 137 | L'ombre du clan Fûma |
| Episode 138 | Pureté et trahison - Un rêve éphémère |
| Episode 139 | Horreur ! Le palais d'Orochimaru |
| Episode 140 | Le piège de Kabuto |
| Episode 141 | La décision de Sakura |
| Episode 142 | Un trio diabolique |
| Episode 143 | Je compte sur ton groin |
| Episode 144 | Le nouveau trio |
| Episode 145 | Ino, Shika, Chô... La nouvelle formation ! |
| Episode 146 | Des ambitions brisées |
| Episode 147 | Duel fatidique ! |
| Episode 148 | À la recherche des insectes flaireurs |
| Episode 149 | Tous les insectes se ressemblent |
| Episode 150 | La grande bataille des insectes |
| Episode 151 | Enflamme-toi Byakugan ! |
| Episode 152 | Requiem pour les vivants |
| Episode 153 | Que les poings de l'amour atteignent ton cœur |
| Episode 154 | L'ennemi naturel du Byakugan |
| Episode 155 | Des nuages noirs en approche |
| Episode 156 | La vengeance de Raïga |
| Episode 157 | Cours !! C'est le curry de la vie ! |
| Episode 158 | L'esprit d'équipe |
| Episode 159 | Ami ou ennemi ? Le chasseur de prime du désert |
| Episode 160 | La bataille du temple d'Okay |
| Episode 161 | D'étranges visiteurs |
| Episode 162 | Le guerrier maudit blanc |
| Episode 163 | Les arrangements de Komei, le stratège |
| Episode 164 | Les renforts arrivent trop tard |
| Episode 165 | La mort de Naruto |
| Episode 166 | La montre arrêtée |
| Episode 167 | Le temps du vol des oiseaux blancs |
| Episode 168 | Brûlons les graisses ! Mélangeons, étirons, et à la cuisson ! |
| Episode 169 | La page perdue |
| Episode 170 | Le mystère du Kaïma |
| Episode 171 | Intrusion ! Le piège se referme ! |
| Episode 172 | Désespoir Le cœur lacéré |
| Episode 173 | Bataille en mer Le pouvoir libéré |
| Episode 174 | Naruto ! Moi aussi, je suis un ninja ! |
| Episode 175 | Creuse, baisse toi et trouve le trésor ! |
| Episode 176 | Une grande partie de chasse à l'homme ! |
| Episode 177 | Oh ?! S'il vous plaît, monsieur le facteur ! |
| Episode 178 | Le garçon au nom d'étoile |
| Episode 179 | Etoile d'été, souvenirs d'une berceuse |
| Episode 180 | L'adresse du paon dédommagé |
| Episode 181 | Hoshikage, la vérité cachée |
| Episode 182 | Les retrouvailles |
| Episode 183 | L'éclat de l'étoile |
| Episode 184 | Une longue journée pour Kiba Inuzuka |
| Episode 185 | Onboo, le nouveau compagnon de Naruto ! |
| Episode 186 | Shino délire |
| Episode 187 | Les déménageurs de Konoha |
| Episode 188 | Les marchands ambulant poursuivis ! |
| Episode 189 | Combats impitoyables |
| Episode 190 | Le point faible de l'homme magnétique ! |
| Episode 191 | La grande Fuite de Naruto ! |
| Episode 192 | Le paradis des joufflus |
| Episode 193 | On recherche écumeurs de dojo |
| Episode 194 | Le château fantôme... |
| Episode 195 | La troisième grande bête, l'ultime rival |
| Episode 196 | Les larmes du combat ! |
| Episode 197 | Rassemblement des onze de Konoha |
| Episode 198 | La mémoire de Naruto |
| Episode 199 | Loupé ! La cible apparaît dans la ligne de mire |
| Episode 200 | En service actif ! |
| Episode 201 | Pièges en série ! Le compte à rebours vers l'anéantissement. |
| Episode 202 | Le top 5 des duels les plus populaires ! |
| Episode 203 | La décision de Kurenai |
| Episode 204 | Yakumo poursuivie |
| Episode 205 | La mission secrète de Kurenai. |
| Episode 206 | Illusion ou réalité ? |
| Episode 207 | Des pouvoir qui auraient dûs être scellés. |
| Episode 208 | Un objet rare, le poids des beauté de la nature. |
| Episode 209 | Les ennemis sont les Shinobazu! |
| Episode 210 | La forêt de l'illusion |
| Episode 211 | Souvenirs dans le feu |
| Episode 212 | Chacun son chemin! |
| Episode 213 | La mémoire perdue |
| Episode 214 | La vérité retrouvée |
| Episode 215 | Une mémoire rejetée |
| Episode 216 | Le maître disparu |
| Episode 217 | L'alliance avec Suna |
| Episode 218 | La contre-attaque de Suiko |
| Episode 219 | L'arme ultime ressuscitée |
| Episode 220 | Départ en voyage |
